Στη συγκεκριμένη αποθήκη ο ΕΟΠΥΥ αξιοποιεί μόνο το 10% του χώρου. Το υπόλοιπο τμήμα της αποθήκης ανήκει στο ΙΚΑ.Τα φάρμακα και το υπόλοιπο υλικό του ΕΟΠΥΥ διατηρούνται κάτω από πλήρως ελεγχόμενες συνθήκες, πριν μεταφερθούν σε μονάδες του ΕΟΠΥΥ στην Περιφέρεια.
Ωστόσο, προκειμένου να υπάρξει ένας ενιαίος σύγχρονος χώρος διατήρησης του φαρμακευτικού υλικού, αλλά και άλλων αναλώσιμων σκευασμάτων, ο ΕΟΠΥΥ θα προχωρήσει στην προκήρυξη διαγωνισμού, ώστε να υπενοικιαστούν σύγχρονες αποθήκες ανάλογες των αναγκών, που θα διαθέτουν αυστηρά μέτρα φρούρησης, αλλά και κατάλληλο χώρο σε ό, τι αφορά στην έκταση.
Να σημειωθεί ότι τους τελευταίους δύο μήνες - οπότε και ξεκίνησε την επίσημη λειτουργία του ο ΕΟΠΥΥ - πραγματοποιήθηκαν εντατικοί έλεγχοι σε αποθηκευτικούς χώρους όπου διατηρούνταν υλικά του ΙΚΑ τα τελευταία χρόνια. Στο διάστημα αυτό εντοπίσθηκαν 11 αποθήκες που περιείχαν υλικά που δεν είχαν χρησιμοποιηθεί, είχαν ωστόσο αγορασθεί και πληρωθεί από τον φορέα.